AES 256 encryptie is de sterkste encryptie beschikbaar voor wachtwoord management software. Als AES 256 wordt gecombineerd met andere beveiligings functies zoals een HSM of DoubleLock biedt dit ongeëvenaarde beveiliging voor gevoelige enterprise wachtwoorden.
Naast at rest encryptie van Secret data, kan Secret Server ook worden gebruikt met SQL Server Transparant Data Encryptie (TDEM) voor bevorderde data bescherming. SSL/TLS kan worden toegepast op alle verbindingen om end-to-end encryptie te garanderen.